在南京办理商业贷款转公积金贷款，您可以按照以下步骤进行：
咨询申请
联系原商业贷款银行，了解商转公贷款的具体流程和所需材料。
资料准备
准备必要的文件，如转贷人及配偶的身份证、结婚证或单身证明、户口本、商业贷款合同、房产评估证明、还款银行卡等。
资料送审
将准备好的资料提交给原商贷银行，银行会对您的资料进行审查，并上报当地住房公积金管理中心审批。
签订合同
一旦审批通过，您需要与贷款银行签订《公积金借款合同》和《抵押合同》，同时与担保公司签订《担保合同》。
资金预存
在公积金贷款发放前，您需要将公积金贷款与原商业贷款余额的差额部分，用自有资金存入原商贷银行的存款专户内用于结清贷款。
变更保险
持原商贷保险单到保险公司办理变更房屋保险手续，保险受益人需变更为市资金中心。
